Hiện nay bênh viện có các khoa phòng chuyên môn sau [2]:

Khối lâm sàng:

• Khoa khám bệnh
• Khoa phẫu thuật gây mê hồi sức
• Khoa cấp cứu
• Khoa ung bướu
• Khoa tai mũi họng trẻ em
• Khoa tai - Tai thần kinh
• Khoa mũi xoang
• Khoa thanh học
• Khoa phẫu thuật chỉnh hình
• Khoa nội soi
• Khoa Miễn dịch - Dị nguyên

Khối cận lâm sàng:

• Khoa xét nghiệm tổng hợp
• Khoa thính học và thăm dò chức năng
• Khoa chẩn đoán hình ảnh
• Khoa dược
• Khoa kiểm soát nhiễm khuẩn
• Khoa Dinh dưỡng
• Trung tâm Ung bướu và Phẫu thuật đầu cổ
• Trung tâm đào tào - Chỉ đạo tuyến